Sistem tata pamong berjalan secara efektif melalui mekanisme yang disepakati bersama, serta dapat memelihara dan mengakomodasi semua unsur, fungsi, dan peran dalam program studi. Tata pamong didukung dengan budaya organisasi yang dicerminkan dengan ada dan tegaknya aturan, tatacara pemilihan pimpinan, etika dosen, etika mahasiswa, etika tenaga kependidikan, sistem penghargaan dan sanksi serta pedoman dan prosedur pelayanan (administrasi, perpustakaan, laboratorium, dan studio). Sistem tata pamong (input, proses, output dan outcome serta lingkungan eksternal yang menjamin terlaksananya tata pamong yang baik) harus diformulasikan, disosialisasikan, dilaksanakan,  dipantau dan dievaluasi dengan peraturan dan prosedur yang jelas.

Sistem dan pelaksanaan tata pamong pada Prodi S1 Pendidikan Matematika diarahkan untuk tercapainya sistem tata pamong yang kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab dan adil untuk mewujudkan visi, melaksanakan misi, mencapai tujuan dan melaksanakan strategi pencapaian sasaran. Prodi memiliki kewenangan mengelola penyelenggaraan kegiatan akademik baik perkuliahan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat di program studinya. Pelaksanaan pendidikan/perkuliahan dilandasi oleh nilai-nilai kejujuran, keterbukaan,  objektif, bertanggung jawab sesuai dengan etika dan norma akademik yang berlaku.

Pada awalnya, S1 Pendidikan Matematika merupakan sebuah jurusan, yaitu Jurusan Pendidikan Matematika, yang dipimpin oleh seorang ketua jurusan. Seiring berjalannya waktu, sesuai dengan perubahan OTK dan status Undiksha, sejak tahun 2016, S1 Pendidikan Matematika menjadi sebuah program studi yang berada di bawah naungan Jurusan Matematika. Prodi S1 Pendidikan Matematika dipimpin oleh seorang Koordinator Prodi yang bertanggung jawab langsung kepada Ketua Jurusan Matematika. Sistem dan pelaksanaan tata pamong di Prodi S1 Pendidikan Matematika dapat divisualisasikan melalui struktur dan mekanisme organisasi.