Dalam tiga tahun terakhir, Prodi S1 Pendidikan Matematika memberlakukan dua kurikulum, yaitu kurikulum 2012 dan 2016. Kurikulum 2012 diberlakukan untuk mahasiswa angkatan 2014/2015 dan 2015/2016, sedangkan kurikulum 2016 untuk mahasiswa angkatan 2016/2017. Tuntutan kompetensi lulusan kurikulum 2012 maupun 2016 mengacu pada standar nasional (SN), yaitu berturut-turut sebanyak 146 dan 149 sks. Pada penerapan kurikulum 2016, Prodi S1 Pendidikan Matematika melaksanakan program kelas bilingual dan program kelas reguler. Bahasa pengantar padasemua mata kuliah kelas reguler menggunakan bahasa Indonesa, dan sejumlah mata kuliah pada kelas bilingual menggunakan dua bahasa (Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia). Intensitas penggunaan Bahasa Inggris ditingkatkan seiring dengan peningkatan semester.

Mata kuliah dalam Kurikulum 2016 dirancang berdasarkan hasil pertemuan Forum MIPA LPTK yang ditindaklanjuti melalui workshop pengkajian kurikulum yang melibatkan pimpinan, dosen, mahasiswa, dan alumni. Mata kuliah dalam kurikulum ini dirancang agar mampu mendukung Visi Prodi S1 Pendidikan Matematika yaitu menjadi program studi yang unggul dalam mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang pendidikan matematika dengan berlandaskan falsafah Tri Hita Karana dan agar sesuai dengan kurikulum Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI). Pada Kurikulum 2016 mata kuliah dikelompokan ke dalam lima kelompok mata kuliah, yaitu: Mata Kuliah Umum (MKU), Mata Kuliah Dasar Kependidikan (MKDK), Mata Kuliah Bidang Keahlian (MKBK), Mata Kuliah Keterampilan Proses Pembelajaran (MKKPP), dan Mata Kuliah Pengembangan Pendidikan (MKPP).